Определите компьютер, на которой будете устаналивать сервер, там будут храниться данные сервера и инвентаризации. Настройте к нему доступ по статическому IP адресу.
Установите агентов Вы можете использовать тихую установку, чтобы выполнить действие массово, установив агенты сразу на несколько компьютеров с ОС Linux.
Выпустите SSL сертификат, см. требования к сертификату. По умолчанию запуск происходит с тестовым сертификатором, свой сертификат требуется для дальнейшей работы. При изменении SSL-сертификата нужно обновить его данные в настройках nginx и других местах.